Мутация, которая делает шерсть кошки рыжей вместо обыкновенных черных и коричневых полос, наследуется иначе, чем другие вариации цветов. У млекопитающих большинство генов подчиняется правилам преобладания: чтобы так называемый рецессивный ген проявился во внешности животного, он должен находиться в двух хромосомах, одна из которых идет от матери, а остальная — от отца; в другом случае все решает так называемый доминантный ген.
Обычно люди с одним рецессивным и одним доминантным геном ничем не отличаются от людей с двумя доминантными генами. Но есть одно важное исключение. Если у кошки есть и «рыжий», и «белый» вариант гена, каждый из них оказывает влияние на цвет шерсти, из-за чего получается случайный рисунок. В одной части кожи активизируется хромосома с красным вариантом, а в другой — доминирует бордовая хромосома. В результате получается так именуемая черепаховая кошка, у которой точный рисунок окраса зависит от остальных генов. Если, кроме того, такая кошка считается носителем пары генов черной мутации, то желчные участки красятся в черный цвет, маскируя щетину (как у равномерно черной кошки), тогда как рыжие участки не затронуты этими генами, поэтому жёлто-красная щетина все еще видна. Такую кошку называют калико.
Ген, определяющий цвет кожи, находится в Х-хромосоме. У самок две такие хромосомы, а у самцов — лишь одна, сопровождаемая намного меньшей Y-хромосомой, которая определяет пол самца, но не несет информации об окраске меха. Чтобы самка кошки была рыжей, она должна нести «рыжую» мутацию в двух хромосомах. Если он есть только в одном, у нее будет черепаховый мех. Так что рыжие самки встречаются, но черепаховые встречаются намного чаще. Самцы, с другой стороны, практически без исключения полностью рыжие либо же без какой-нибудь примеси рыжего. Меловые образцы редко встречаются. Это происходит, когда у кошки две Х-хромосомы и одна Y-хромосома в результате аномального деления клеток. Поэтому расхожее мнение, что рыжий кот обязательно должен быть мужского пола, не отвечает реальности.